Benoît, de son vrai nom Witiza (en latin Eutichus), naquit vers 750 en Aquitaine, dans une famille de l’aristocratie wisigothe. Comme c’était l’usage dans ce milieu, il fut envoyé à la cour de Pépin III, où il devint échanson de la reine. Très tôt il décida de se consacrer à Dieu. Il entra à l’abbaye de Saint Seine, au Nord de Dijon, en 774. Vers 779 il se retira à Aniane sur un domaine de sa famille.
Après plusieurs essais de style de vie monastique, vers la fin des années 780, Benoît décida d'adopter la Règle de saint Benoît. Il construisit un monastère et une église, et organisa la vie avec la minutie et le juridisme qui le caractérisaient, en donnant une grande importance à l'Opus Dei. Aniane devint un centre intellectuel important, et les vocations affluèrent. La communauté compta jusqu'à 300 moines.
Fort de l'appui de Louis, roi d'Aquitaine, et de l'amitié d'Alcuin, abbé de Saint Martin de Tours, Benoît réforma plus de vingt monastères en Aquitaine, en Provence et dans les régions allant des Pyrénées à la Garonne. Il composa une Concordia Regularum, commentaire de la Règle de Benoît de Nursie, avec des citations des règles de Basile, Pacôme, Colomban. Ce travail visait à prouver la concordance et l'harmonie de ces règles, et à montrer que la Règle de Saint Benoît est supérieure aux précédentes, car elle choisit en chacune d'elles ce qu'il y a de meilleur.
En 817, l'empereur réunit à Aix les abbés de tout l'Empire dans une sorte de chapitre général et fit approuver les Capitulare monasticum rédigés par Benoît : un texte de 83 articles qui codifiait l'usage des coutumes monastiques selon l'esprit de la Règle bénédictine. Dans ce texte, Benoît apporta quelques innovations qui furent adoptées par le monachisme médiéval : il augmenta l'importance de l'office, ajouta des prières, donna au Chapitre un droit de regard sur les charges de l'abbé, institua un contrôle plus strict sur la vie des moines, etc. On a pu lui reprocher un désir de centralisation contraire à l'esprit d'autonomie des monastères. En cela, sa réforme prépara l'œuvre de Cluny.
Par décret de Louis le Pieux, l'ensemble des monastères francs furent obligés d'appliquer le capitulaire. Des moines de chaque monastère furent appelés à Inden afin d'étudier la vie de ce " monastère modèle " et afin qu'ils puissent la reproduire chez eux à leur retour. Des missi monastici furent envoyés partout pour contrôler la réalisation des prescriptions.
Jusqu’à la fin de sa vie, en 821, Benoît poursuivit l’application de la réforme, en visitant lui-même les monastères.
Dès sa mort à Inden, Benoît fut honoré comme le continuateur de Benoît de Nursie, le « père nourricier » ou le « second fondateur » du monachisme bénédictin en Europe.